Dahulu kala, sebuah bencana epik, yang dikenal sebagai Invertia, menyebabkan perubahan full keseimbangan kekuatan dunia. Pada tahun-tahun setelah bencana ini, sebuah kelompok yang dikenal sebagai Yayasan Perusahaan Terpadu naik ke tampuk kekuasaan. Selain perubahan besar ini, generasi baru manusia yang lahir dengan keterampilan fisik luar biasa yang dikenal sebagai Genestella juga muncul dan bergabung dengan jajaran kemanusiaan.
Gakusen Toshi Asterisk mengikuti kisah Ayato Amagiri, seorang siswa yang baru saja pindah ke salah satu dari enam sekolah paling elit untuk siswa Genestella di dunia & mdash; Seidoukan Academy & mdash; di mana siswa belajar mengendalikan kekuatan dan duel mereka satu sama lain dalam pertempuran hiburan yang dikenal sebagai festival. Sayangnya, Ayato memulai dengan kasar. Ketika mencoba mengembalikan sapu tangan yang hilang ke teman sekelas wanita, dia secara tidak sengaja melihat wanita itu berubah yang membuatnya menantangnya untuk berduel. Apa yang kebanyakan orang tidak sadari, adalah bahwa Ayato tidak memiliki ketertarikan nyata pada festival dan sebaliknya memiliki motif alternatif untuk bergabung dengan sekolah bergengsi ini. Apa rahasia besar Ayato? Akankah dia bisa melanjutkan aksinya ketika dikelilingi oleh beberapa Genestella terhebat di dunia?